借“南澳I号”水下考古之际，考古队通过对南澳海洋文化遗存的全面调查，形成了本书稿的主要内容。本书从南澳岛的实物调查资料入手，对闽越两省现存明清海防城堡遗存、明清海岸烟墩、炮台要塞、水师、民防或海盗营寨遗址，船官、船政史迹、海防官兵墓葬进行整理。囊括南澳岛上大部分海疆与海防文化遗产，从物质文化遗产角度展示了南澳岛的海疆经略与海防史，为以后更多的海岛考古学调查与研究奠定了基础。在理论方法上，本书重新梳理了海洋考古学的相关概念，及国内海洋考古学的发展现状，并以聚落考古为着眼点，探讨了对海洋聚落的理论探索和实践。