《药物化学实验（双语版）》的结构体系主要包括药物化学实验的一般知识、药物化学实验、附录三部分。作为科学出版社《药物化学》（案例版）的配套教材，在第二部分共编排了26个实验项目，其先后顺序尽可能与（案例版）《药物化学》《药物化学实验（双语版）》的章节内容顺序一致，并相应安排了若干个药物中间体的合成和基本技能实验及实验新技术等。实现了从基本操作到专业实验，再到综合设计性实验、实验新技术的一体化教学。
《药物化学实验（双语版）》以实验教材改革为突破口，采用双语体系编写，目的是提高学生阅读专业英语文献的水平。

第一部分药物化学实验的安全规则、操作规范和仪器与设备
第二部分药物化学单元实验
实验一巴比妥的合成
实验二苯妥英钠的合成
实验三苯妥英锌的合成
实验四盐酸普鲁卡因的合成
实验五盐酸普鲁卡因的水解稳定性实验
实验六苯佐卡因的合成
实验七苯佐卡因的水解稳定性实验
实验八阿司匹林的合成
实验九对乙酰氨基酚的合成
实验十贝诺酯的合成
实验十一吲哚美辛的合成
实验十二萘普生的合成
实验十三尼群地平的合成
实验十四氯霉素的合成
实验十五氯霉素棕榈酸酯的合成
实验十六磺胺的合成
实验十七磺胺醋酰钠的合成
实验十八磺胺嘧啶银的合成
实验十九对氨基水杨酸钠的合成
实验二十呋喃唑酮的合成
实验二十一藜芦酸的合成
实验二十二苦杏仁酸的合成
实验二十三药物溶解度及熔点测定实验
实验二十四混合样品的色谱分离与分析：乙酰二茂铁的制备、分离与分析
实验二十五α-苯乙胺的拆分
实验二十六喹唑酮-4的合成
第三部分附录