故事发生在重置之后的某个平行世界。
被固定在所有平行宇宙中的神圣圆香偶然在无数平行世界中的一个世界中发现了「圆香」的存在——但这应该是不可能会发生的，「圆香」的存在本应该已从低次元中抹杀。
但事实上「圆香」确实出现了。
虽然换了姓，但「圆香」确实是未成神之前的那个圆香。
没有过去的她就像突然出现一般，在十年前的火灾中被卫宫切嗣所救。
在这个平行世界中顶替了本该出现的卫宫士郎，卫宫圆香开始了FATE的故事。
在发现了的神圣圆香的要求下，这届圣杯变成了在魔圆的几个轮回中出现的魔法少女们再一次活跃的战场。
以第五届Master与魔法少女小圆本传和外传中人物组合起来的同人——
Fate/Puella Magi
于此拉开序幕。
PS：封面由【榊临唯】制作提供，感谢。