《沈文肃公牍》十六卷收集了沈葆楨在巡台和督江时与李鸿章、左宗棠以及闽浙、两江、湖广的督抚司道和师友的往来函件。第一至六卷表述作者巡台的积极奋战以及日本退兵后的善后工作和整治台湾的各项措施。第七至十六卷则是作者督江的政事活动。诸如赈災荒、修河堤、通海运、理监引、减税则、除罂粟、清积案、增书院、裁兵留勇以及裁厘改税等，集中了作者从1874提到1879年治理江南民政、军政、财政、经贸、文化以及涉外等领域的主张和措施。是研究中国近代史颇具有价值的资料。
本书收集沈葆桢各种公函一千余件，内容有关政事与吏治，其中多涉及台湾之管辖、防务和经济开发。