本书在撰写中仍然采用了1994年《山东通史》的编写体例，并在原来综述、典志、人物传三个部分基础上增加了前言部分。综述改为通纪，主要将发生在这一时期的重大事件，用编年体和纪事本末体相结合的形式加以论述，体现山东明清时期历史发展的特征；典志则是以政书体的形式分别从不同层面研究明清时期的山东，以弥补通纪与列传不能容纳的史实；列传则是对明清有影响的山东籍各领域代表人物，视其重要性分为专传、合传、类传等，对山东有影响的非山东籍人物，其事迹主要体现在通纪和典志中。

前言

通纪

 一 明代山东地方政权的建立

(一)朱元璋建国与北伐

(二)明初山东经济的恢复与发展

 二 靖难之役与唐赛儿起义

(一)靖难之役

(二)唐赛儿领导的农民起义

 三 汉王朱高煦的叛乱与覆亡

(一)明初分封在山东境内的诸王

(二)汉王朱高煦叛乱与覆亡

 四 山东各地人民的反封建斗争

(一)明中期阶级矛盾的尖锐

(二)刘六、刘七起义军在山东的活动

(三)嘉靖年间山东矿工起义

(四)万历年间城镇人民反矿监税使的斗争

(五)白莲教兴起与徐鸿儒起义

 五 山东沿海人民抗倭及援朝斗争

(一)倭寇对山东沿海地区的骚扰与破坏

(二)明政府防御倭寇的措施

(三)嘉靖年间戚继光与山东沿海人民的抗倭斗争

(四)万历年间山东人民的抗日援朝斗争

 六 明朝末年的山东局势

(一)孔有德叛乱与明朝的平叛战争

(二)清军南下侵扰与山东各地人民的抵抗

(三)明末农民起义与大顺政权在山东的建立

 七 清初山东各地的抗清斗争

(一)清军进入山东与大顺地方政权的失败

(二)赵应元、秦尚行、谢迁、于七等领导的抗清斗争

(三)嘉祥满家洞军与曹州榆园军的抗清斗争

(四)鲁南九山王俊领导的抗清斗争

(五)丁维岳、张尧中、孙化庭等领导的抗清斗争

 八 清朝前期社会经济的缓慢恢复与阶级矛盾的尖锐

(一)社会经济的缓慢恢复与发展

(二)土地兼并进一步加剧

(三)吏治腐败与军队废弛

(四)封建剥削的加重

(五)自然灾害频仍下的民众困苦生活

(六)山东各地人民的反封建压迫斗争

 九 王伦起义

(一)清水教的源流及其秘密活动

(二)王伦起义的爆发及初期斗争

(三)清军的反扑与起义军围攻临清

(四)清政府对起义的镇压与起义的失败

 一○ 天理教起义

(一)天理教的渊源及其广泛传播

(二)天理教起义在山东各地的爆发及其失败

典志

列传

主要参考文献

后记