杨崇魁编辑、张瑞贤等校注的《本草真诠》分为六集，卷上一集讨论运气，分别以十干纪运图、阳年太过图、阴年不及图等依次介绍五运六气有关内容。二集介绍手太阴肺经、手阳明大肠经等十二经气血、病机、温凉、补泻药。三集仿照王纶《本草集要·药性分类》，分列治风、治热、治湿、治燥等十二门，并统领诸药，于各药名下简略介绍其主治功效。卷下一集首列诸品药性阴阳论。二集为食治门，分米谷、菜蔬、果品、走兽、飞禽、虫鱼等六类130余条。三集摘录各家本草序例内容，诸如十二经水火分治歌、制方之法、论出产择地土、论收采按时月、藏留防耗坏、贸易辨真假等。本书在内容上没有创新增益，只是在编排上与众不同。

《本草真诠》成书于明万历三十年(1602)，作者杨崇魁认为习医不可粗知药物温热寒凉、主治反毒，亦不可妄投奇方怪药，应当熟谙制方之宜及阴阳、运气、经络、脉因证治之理。于是取《证类本草》、《本草集要》《本草蒙筌》等书，搜其要旨，悉心编排，匠心独运，以运气、经络理论等统摄本草，而成《本草真诠》。

新刊官板本草真诠卷之上

 一集

十于纪运之图

阳年太过主胜客负图阴年不及主负客胜图

地支六气之图

子午年司天客气加主气图

丑未年司天客气加主气图

寅申年司天客气加主气图

卯酉年司天客气加主气图

辰戌年司天客气加主气图

巳亥年司天客气加主气图

六十年五运六气加临之图

运气加临脉候寸尺不应之图

五运六气主病加临转移之图

木运

火运

土运

金运

水运

六气

 二集

手太阴肺经

手阳明大肠经

足阳明胃经

足太阴脾经

手少阴心经

手太阳小肠经

足太阳膀胱经

足少阴肾经

手厥阴心包络

手少阳三焦经

足少阳胆经

足厥阴肝经

 三集

治风门

 行气开表药(凡二十四种)

 祛风化痰药(凡十六种)

 清热润燥药(凡二十五种)

 主治各经风药

治热门

 治上焦热药(凡十六种)

 治中焦热药(凡二十种)

 治下焦热药(凡十九种)

 主治各经热药

 骨肉分痨瘵发热主治药

治湿门

 补气除湿药(凡六种)

 调中消导药(凡二十种)

 行湿利大小便药(凡二十三种)

 散湿风门药(凡十三种)

 主治各经湿药

治燥门

 解热生津药(凡三十种)

 滋血润燥药(凡二十一种)

 主治各经燥药

治寒门

 治上焦寒药(凡九种)

 治中焦寒药(凡三十种)

 治下焦寒药(凡十四种)

 主治各经寒药

治气门

 补气清气温凉药(凡四十五种)

 温气快气辛热药(凡十九种)

 行气散气降气药(凡四十二种)

 破气消积气药(凡十四种)

治血门

 补血温血属阳药(凡十种)

 补血生血属阴药(凡二十九种)

 凉血止血行血药(凡六十二种)

 破血消积血药(凡三十三种)

治痰门

 治热痰虚痰药(凡二十七种)

 治湿痰行痰药(凡十四种)

 治寒痰风痰药(凡十六种)

 消克痰积药(凡十四种)

治疮门

 泻火解热药(凡三十五种)

 行气开滞辛温药(凡三十九种)

 治血行血药(凡四十二种)

 解毒攻毒药(凡一百四十五种)

治毒门

 解毒药(凡八十种)

 解毒兼治邪毒(凡四十种)

 治邪药(凡四十二种)

妇人门

 补虚调经安胎药(凡四十一种)

 理产和血行气药(凡四十五种)

 攻克血积药(凡十七种)

小儿门

 治脾病补虚疳泻药(凡三十二种)

 治肝病风热惊痫药(凡四十四种)

 治疮毒药(凡十九种)

新刊官板本草真诠卷之下

 一集

诸品药性阴阳论

温性药品(凡八十六种)

热性药品(凡十一种)

平性药品(凡五十九种)

凉性药品(凡二十八种)

寒性药品(凡七十八种)

诸水

 二集

食治门

 米谷部(凡二十一条)

 菜部(凡二十八条)

 果部(凡二十一条)

 兽部(凡十五条)

 禽部(凡二十六条)

 虫鱼部(凡二十六条)

 三集

十二经水火分治歌

五脏苦欲补泻药味

用药升降浮沉补泻法

升降者天地之气交

标本阴阳论

五方之正气味

制方之法

七方

十剂

治法纲要

论出产择地土

论收采按时月

藏留防耗坏

贸易辨真假

咀片分根梢

制造资水火

治疗用气味

药剂别君臣

四气

五味

七情

五用

东垣随证治病药品

东垣用药凡例

题《本草真诠》跋