约三千万以前，在地球遭到袭击面临巨大危机的时候，一位巨人挺身而出拯救了人类超越古代文明。巨人把自己战斗的躯壳隐藏在“迪迦地区”后，化作光离开了地球。

21世纪初期，地球不再有侵略和战争，人类企盼已久的和平终于到来了。TPC(地球和平联合组着)成立，人类迎来了新的时代。可就在这时，地球上又突然出现了怪兽！

怪兽将目标锁定于动物园，展开了袭击行动。在这紧要关头，胜利队的大古队员变身成为迪迦奥特曼！他搜查着整个动物园，精彩的故事随之展开……