一、古菌(Archaea)

二、细菌(Bacteria)

三、放线菌(Actinomycets)

四、酵母菌(Yeasts)

五、丝状真菌(Filamentous Fungi)

六、大型真菌(Mushroom)

附录I：培养基(Media)

附录II：菌种拉丁学名索引

附录III：菌株编号索引

附录IV：微生物资源材料转移共享协议

《中国农业菌种目录(2012年版)》由顾金刚、姜瑞波编著，2012年版是中国农业微生物菌种保藏管理中心保藏的部分菌种名录，共497属、1774种、11226株，分为6大类，即：古菌、细菌、放线菌、丝状真菌、酵母菌及大型真菌(主要为食、药用菌)。

本版目录中，分列菌种名录、培养基编号及配方、菌株库藏号索引及菌株学名索引。