陈恭禄编著的《日本全史》分为上下两卷，共二十四篇。第一篇至第六篇详细介绍了日本的地位、民族的由来以及社会之演变等内容。第七篇至第二十四篇分述日本从幕府，统治时期到明治维新之后，在政治、经济、军事、宗教等各方面的发展情况。此外，书中还胪列了一系列参考书目，以供读者进行研究参考之用。

贝德士原序

自序

附录参考书目

卷上

第一篇 日本之位置与其地理上之影响

 日本之位置

 近年疆域变迁大势

 山脉

 耕地少而河流无屈折

 气候

 物产

 朝鲜台湾境内米麦豆等之出产

 渔农及工商等职业

 地理与其国民性

 日本民族发展问题

第二篇 佛教输入前之日本（？-552A.D．）

第三篇 佛教输入后之改革时期（552-857）

第四篇 藤原氏之专横及平源二氏之盛衰（857-1192）

第五篇 中世纪之武人时代（1192-1606）

第六篇 耶教在日本之盛衰(1549-1638)

第七篇 江户幕府之极盛时代(1606-1651) 

第八篇 闭关时代及威逼通商(1651-1858)

第九篇 订约通商后之内忧外患(1858-1867)

第十篇 幕府覆亡

第十一篇 武士道

卷下

第十二篇 明治初年中之改革(1867-1873)

第十三篇 文治武功派之党争及立宪运动(1873-1890)

第十四篇 宪法与政府的制度

第十五篇 立宪初期政府政党之冲突(1890-1894)

第十六篇 明治二十七年中内政之发达(1867-1894)

第十七篇 明治二十七年前之外交(1867-1894)

第十八篇 中日之战(1894--1895)

第十九篇 中日战后十年中之内政外交(1894-1904)

第二十篇 日俄战争(1904--1905)

第二十一篇 明治末年国势之膨涨(1905-1912)

第二十二篇 最近日本内政之嬗变(1912-1925)

第二十三篇 日本最近之外交政策(1912-1925)

第二十四篇 结论(日本对于世界之贡献及其国内问题)