本全集所收文稿，包括蔡元培先生撰写的专著、论文、诗歌、题联、书简、函电、批语、日记、译文及演说、谈话并口述的记录，当时由他主持制定或以其名义发布的重要公文、法规等。与别人合著之作，也收录在内。

为方便读者，对一些历史人物、事件和背景情况只作简略的注释，不予任何评价。题解置于页下，注释置于文末。日记则将注释置于每年最后一日之下。

本全集资料翔实，内容丰富，理论精辟，具有极高的参考价值和研究价值。

致陶濬宣函（1894年2月26日）

复陶濬宣函（1894年8月9日）

致陶濬宣函（1894年9月20日）

复陶濬宣函（1895年春）

复陶濬宣函（1895年5月29日）

致陶濬宣函（1895年夏）

复陶濬宣函（1895年秋）

致陶濬宣函（1896年4月6日）

致陶濬宣函（1896年4月15日）

复陶濬宣函（1896年5月）

复陶濬宣函（1896年9月30日）

复王继香函（1896年11月7日）

复陶濬宣函（1896年12月2月）

致黄绍箕函（1897年）

致徐树兰函（1900年2月26日）

致陆勉斋函（1901年4月）

致汪康年函（1901年6月）

致汪康年函（1901年7月14日）

致高？桐函（1901年11月）

……

汪精卫偕其夫人到法国，有同行男女学生八人，其中有四人，由精卫为函告袁总统，请发公费，至今未得确信。此事，如由总统府交教育部核办，请破例玉成之。