在WN22地区，赵燕、林聪、陈峰等人打败了玄冥二怪并救下一只受伤的遗鸥。赵燕在为遗鸥疗伤的过程中和这只遗鸥产生了感情。但是，遗鸥为了寻找自己的伴侣，悄悄离开了。玄冥二怪为了对抗神兽超人们，在抓到的遗鸥体内注入了变种液。赵燕等人召唤神兽与遗鸥机械兽战斗，最后在胡博士的指引下，朱雀金刚用九味真火使得遗鸥机械兽恢复原形，并将其带回去疗伤。

《神兽金刚》讲述了6个超异能的小孩驾驭6头神兽金刚，面对铁面将军制造出的机械兽，不畏缩、不后退，一次次用爱和正义的力量挫败敌人的故事。值得一提的是，动画片将帮助小朋友从故事中学习一些生活常识，平均每集均有两三个知识点，例如森林火灾的扑救方法等。