在袁左鸣编著的《返祖》中，基本的理念采取了与进化论相反的认知顺序，即由宏观到微观，由复杂到简单，由现代到原始的追本求源的认知过程，站在生命最初的起点，探讨现代生命物种以及已经灭绝的物种是怎样由非生命物质演化及进化发展过来的，最终目的在于解释进化论中没有解释完全或有所偏差的问题。因此，在同进化论的关系上，是对进化论的某些观点进行扬弃，是对进化论的完善和补充。

第一部分 字宙与物质

第一章 宇宙的形成

 宇宙的诞生

 宇宙结构观念的发展

 宇宙演化观念的发展

 宇宙图景

 运动与发展

 哲学分析

第二章 地球的物质观

 地球的地质年代概略

 物质的概述

 能量及其与物质的关系

 能量守恒——物质运动规则的建立

第三章 元素、分子与化合物

 天然元素的形成

 核素及同位素

 原子与分子

 化学键

 有机化合物的结构理论

 小结

第二部分 生命的起源

第四章 生命起源导论

 对生命起源的早期认识

 生命起源的近期探索

 生命起源研究现状

 生命起源研究中的其他问题

 地球生命的宇宙观

 生命自由能系统

第五章 生命前体物质的形成

 生命前体物质的概念

 蛋白质与核酸的形成

 化学密码子的起源

 生命大分子的形成

第六章 生命的原始状态

 生命的诞生

 密码子系统

 RNA世界

 摆脱RAN——DNA的角色确定

 小结

第三部分 生命演化的概述

第七章 生命的共同祖先

 生命之树

 原始生命的系统关联

 病毒类与生命之树

 基因与生命系统树

第八章 生命体的概述

 生命的最初形态

 生命体的代表者——病毒

 生命体演化机制的猜想

第九章 关于生物演化的近代史观

 从拉马克到达尔文

 新达尔文主义

 非达尔文主义

 小结

第四部分 生命返祖演化的推论

 引言

第十章 生物演化的技巧

 遗传

 变异

 分化

 隔离

第十一章 难以解释的生物学现象

 返祖现象

 杂交后的体制变化

 杂种不育现象

 胚胎发生中的困惑

 不表达基因的存在

 疾病现象

 其他生物学现象

第十二章 返祖效应：返祖假说的核心

 经典进化论的核心内含

 现代进化论基因学说的贡献

 胚胎学在进化论中的启示

 分子生物学提供新的认知方法

 病毒学研究提出生命演化的新推测

 返祖效应

 小结

第五部分 生物演化辨析

 引言

第十三章 论基因

 基因的概述

 基因的本质

 基因的演化发展

 基因与进化

 基因与返祖

 基因与突变

 基因与蛋白质——多态性与多样化

第十四章 论遗传

 遗传的概述

 遗传的动力

 遗传与变异

第十五章 论变异

 变异的概述

 变异的本质

 遗传变异的划分

 基因变异

 性状变异

 返祖变异

 生物的变异与进化

 变异的速率与模式

 变异与基因组构的复杂化

第十六章 论选择

 选择的概述

 选择与生物的变异

 自然选择的作用原理

 人工选择的本质

第十七章 论进化

 进化的概述

 生物进化的历程

 生物进化的本质

 生物进化的衰竭

 进化中分子水平的遗传变异

第十八章 论返祖

 返祖的概述

 返祖概念的泛化

 返祖与杂交

 返祖效应生物学原理的推测

第十九章 论突变

 突变理论的概述

 对突变的重新解读

 突变的形式

 突变的修复机制

 突变对遗传体制的影响

 突变与物种演化

 小结

第六部分 返祖在生物学理论中的探讨

第二十章 生物返祖的理论系统

 返祖的理论前提

 返祖演化的机制

 返祖演化的行为模式

 返祖理论的系统假设

第二十一章 生物医学中的返祖辨析

 胚胎发生中的演化返祖

 疾病缘由的概述

 遗传性疾病的基因定位

 疾病返祖变异的基础

 感染与免疫应答的亲祖机制

第二十二章 返祖对生物药学原理的启迪

 药物归经的返祖原理

 分子靶向治疗的返祖原理

 基因工程反向转录的特异性原理

 小结