《针灸甲乙经》全书十二卷，共一百二十八篇，其内容大致为：卷一论脏腑、气血津液，卷二论经络，卷三论腧穴，卷四论脉诊，卷五论刺灸法，卷六论病因病机，卷七至卷十二论临床各科疾病的针灸治疗。如此按基础理论、经络腧穴、诊断、刺灸操作、临床治疗的编排次序，系统而有条理，对后世影响甚大。唐代《千金要方》、《外台秘要》等有关针灸的内容多取材于此书，北宋官颁针灸腧穴专书《铜人腧穴针灸图经》也以本书第三卷为基础加以扩充而成。在唐代及稍后的日本、朝鲜等国医事律令中，本书均被列为中医学之必修教材。足显其在中医学中的经典地位。
《针灸甲乙经》经由北宋校正医书局校勘，南宋以后刊刻较少。后世传本皆据北宋校定本。现存最早刊本是明万历吴勉学校勘的《医学六经》本。此本于万历二十九年（1601年）收入吴勉学校勘的《古今医统正脉全书》中，清以后有十余种刻本，建国后又有影印本刊行。但后各家印本均以《医统正脉》本为祖本。此次校注工作亦以明刊《医统正脉》本影印本为底本。

卷一
精神五脏论第一
五脏变腧第二
五脏六腑阴阳表里第三
五脏六腑官第四
五脏大小六腑应候第五
十二原第六
十二经水第七
四海第八
气息周身五十营四时日分漏刻第九
营气第十
营卫三焦第十一
阴阳清浊精气津液血脉第十二
津液五别第十三
奇邪血络第十四
五色第十五
阴阳二十五人形性血气不同第十六
卷二
十二经脉络脉支别第一（上）
十二经脉络脉支别第一（下）
奇经八脉第二
脉度第三
十二经标本第四
经脉根结第五
经筋第六
骨度肠度肠胃所受第七
卷三
诸穴
头直鼻中发际傍行至头维凡七穴第一
头直鼻中入发际一寸循督脉却行至风府凡八穴第二
头直侠督脉各一寸五分却行至玉枕凡十穴第三
头直目上入发际五分却行至脑空凡十穴第四
头缘耳上却行至完骨凡十二穴第五
头自发际中央傍行凡五穴第六
背自第一椎循督脉行至脊骶凡十一穴第七
背自第一椎两傍侠脊各一寸五分下至节凡四十一穴第八
……
卷四
卷五
卷六
卷七
卷八
卷九
卷十
卷十一
卷十二