本书是在《内蒙古植物志》第二版的基础上编著的，是对《内蒙古植物志》第二版的全面修订和增补。与《内蒙古植物志》第二版相比，本书新增加了12科、53属、320种（或亚种、或变种）；拉丁学名改动的有17属、330种（或亚种、或变种、或变型，其中包含了原志中定错了的种或变种和错误发表的新种或新变种）等等。《内蒙古植物志》(第三版)蕨类植物系统采用秦仁昌系统，种子植物分类系统采用恩格勒系统排列。每册包括前言、目录、正文（包括学名、中文名、蒙古文名、主要文献引证、形态性状描述、水分生态类群描述、生境、产地、分布、分布区类型、主要种类的群落学作用、经济利用价值等）、黑白线条图和植物彩色照片、拉丁名、中名索引，共出版6卷，全书共约400万字。

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