死神流克将死亡笔记遗失后，被13岁中学生镜太郎捡到，将其当作日记本使用。在无意间将5个欺负过他的同学杀死，而相信笔记是真的。惊恐的镜太郎利用流克给予的死亡橡皮擦擦去笔记上的名字，使得5人复活。调查此事的2名警察在得知5人复活后，赶到学校调查询问，但却同复活的5人一起被人杀死。镜太郎询问流克，发现流克的另一本笔记丢失，而联想到同样被那5人欺负和被警察询问过的三浦。
最后，镜太郎找到三浦，使用橡皮擦擦掉已死7人的名字，然后把第二本笔记交给复活的2名警察。在警察面前，镜太郎让三浦杀死自己作为实验，然后用橡皮擦擦掉名字复活，令警察相信。而后，四人将笔记烧毁，并且一直保守秘密。7年后，镜太郎长大成人，始终保存着第一本笔记，并将死亡笔记的故事作为小说发表。
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