小石头是一个10岁的小男孩。有一天，他结识了从纸上跳出来的小蘑菇，跟随他游历了一个个神秘的国家：所有蘑菇都能开口说话的蘑菇国，被逼迫每天听国王讲演的眼泪国，所有臣民都是胆小鬼的害怕国，终年下着大雪的冰雪王国，以及建造在天空的飞鸟国……
神秘国表面平静，实则处处险境。小石头能化解危机，成为所向披靡的小英雄吗？