全书分为三部分：第一部分为基础实验部分，这些基础实验较为全面地安排了微生物基础实验所要求的内容，具有较强的代表性；第二部分为综合性实验，分为小型综合性实验和大型综合性实验，其中小型综合性实验主要注重实用性和代表性，大型综合性实验以海洋微生物四大类型菌（细菌、放线菌、霉菌、酵母菌）为主线，每一种类型的菌各有一个代表，整个综合性实验贯穿了菌种的介绍、筛选、鉴定、性能研究这一主线。第三部分为设计型实验，主要培养学生的独立思考能力、创新能力和实践能力，为本科学生的学年论文和毕业论文的设计打下良好的基础。