国家菌种资源库（National Microbial Resource Center, NMRC）是国家科技资源共享服务平台的重要组成部分。中国农业微生物菌种保藏管理中心（Agricultural Culture Collection of China, 以下简称“中心”）作为国家菌种资源库主库，主要负责农业微生物菌种的收集、鉴定、保藏、评价、共享利用及国际交流。中心现有细菌、放线菌、酵母菌、丝状真菌及大型真菌等2万余株。按照国际惯例，每个菌株采用2种以上方式进行安全保藏。中心利用丰富的菌种资源，平均每年为500多家企事业单位、教学、科研机构提供千余株的菌种服务，有力支持了我国农业科技和产业化发展。
为进一步提高菌种资源信息化水平，更准确有效地为社会各界提供菌种资源服务，编者对中心部分菌种进行了整理与汇编，以《中国农业菌种目录（2012年版）》为基础进行修订，编辑出版了《中国农业菌种目录（2021年版）》，并附培养基、菌种学名索引、菌株编号索引。目录中包含了523属1761种12813株农业微生物菌种资源。

一、细菌（Bacteria）
二、放线菌（Actinomycetes）
三、酵母菌（Yeasts）
四、丝状真菌（Filamentous Fungi）
五、大型真菌（主要为食用菌）（Mushroom）
附录Ⅰ：培养基
附录Ⅱ：菌种学名索引
附录Ⅲ：菌株编号索引