继前作设定，《虐杀原形2》依然设定在纽约市，由于之前爆发的灾难，这次的纽约市被称为零度纽约，根据感染程度不同被划分成三个区域。曼哈顿是红色区域，已经被生化怪物占据。曼哈顿附近的岛屿为黄色区域。绿色区域是最安全的，这里的Blackwatch私人武装带来的是一种别样的恐怖气氛。

《虐杀原形2》主角已不再是1代的Alex，而是新角色James Hellen，一名士兵，他要搞清楚敌人背后的计划，而且要杀死他的创造者(Alex)。