在战胜小次郎之后，武藏决定在日本北部的北海道进行冥想并尝试艺术创作。在他的一次冥想中，一个灵魂与他联系：“宫本武藏，我们的战斗还没有结束，我在等你彻底结束我们的战斗！。全日本都将为你的侮辱付出代价！我在等着你宫本武藏！”

对武藏来说，毫无疑问，这个声音是佐佐木小次郎的声音。他的身体被打败了，但他的精神还在，而且他的意图是破坏性的。于是宫本武藏必须从北到南穿越日本，前往他第一次击败佐佐木小次郎的岩流岛，再次战斗，永远解放小次郎的精神。

《五藏严流记 2》是 VISCO 早在 1999 年在 NEOGEO 上制作的《五藏严流记》游戏的续集。游戏宇宙设定在一个封建幻想的日本，它受到武藏的故事的强烈启发，武藏的冒险经历在一系列的书中展开（主要是《石与剑》）。